Việc phân loại được bắt đầu từ Lớp:
- Chim (Aves)
Bộ Đà điểu (Struthioniformes): đà điểu châu phi
Bộ Đà điểu đầu mào (Casuariiformes): đà điểu Tân ghi nê
Bộ Gà (Galliformes): công, gà lôi, trĩ sao...
..
Trĩ sao
Công
Bộ Hạc (Ciconiiformes): hạc cổ trắng, già đẩy, cò ốc
Già đẫy
Bộ Vẹt (Psittaciformes): các loài vẹt
Vẹt mào đỏ
Bộ Bồ nông (Pelecaniformes): Bồ nông chân xám, các loại cò
Bộ Hồng hoàng (Bucerotiformes): hồng hoàng, cao cát, niệc mỏ vằn
Hồng hoàng
Bộ Hồng hạc(Phoenicopteriformes): hồng hạc
Hồng hạc
- Bò sát (Reptiles)
Bộ Có vảy (Squamata): trăn, rắn, kỳ nhông, kỳ đà
Trăn trắng
Bộ Rùa (Testudines): rùa, ba ba
Bộ Cá sấu (Crocodilia): cá sấu
Cá sấu
- Thú (Mammals)
Trong Lớp Thú đa phần động vật ở TCVSG là Thú có nhau thai đại diện cho những Bộ sau
Bộ Có vòi (Proboscidea): Voi
Voi châu Á
Bộ Móng guốc
- Bộ Guốc chẵn (Artiodactyla): heo rừng, hươu nai, hươu cao cổ, linh dương, hà mã, dê, cừu
Hà mã
- Bộ Guốc lẻ (Perissodactyla): ngựa, ngựa vằn, tê giác
Ngựa vằn
Bộ Linh trưởng (Primates): dã nhân, đười ươi, khỉ, vượn, voọc...
Đười ươi
Bộ Ăn thịt (Carnivora): hổ, báo, mèo rừng, gấu, cầy, chó sói, cáo, linh cẩu
Báo hoa mai
Mèo rừng
Bộ Tê tê (Pholidota): tê tê
Bộ Gặm nhấm (Rodentia): chuột lang, nhím, đon, sóc, chuột lang nước
Chuột lang nước (Capybara)
*** Trong báo cáo biến động động vật hàng tháng thì động vật tại TCVSG được phân loại theo hệ thống như trên. Trong đó ở lóp thú có phân loại sâu hơn đến mức bộ, tuy nhiên chưa đầy đủ: thiếu bộ có vòi, bộ tê tê và bộ gặm nhấm.
*** Trong thông tin thực tế tại các bảng thông tin ở các chuồng thì đưa thông tin chủ yếu là Họ và Loài
*** Trước đây TCVSG có nuôi chuột túi là một loài thuộc bộ Hai răng cửa (Diprotodontia), họ Chân to (Macropodidae)
*** Hệ thống phân loại này cũng tương đồng với cách phân loại theo Thông tư 85/2025/TT-BNNMT Quy định về quản lý loài nguy cấp, quý, hiếm, loài động vật rừng thông thường và thực thi Công ước về buôn bán quốc tế các loài động vật, thực vật hoang dã nguy cấp.
