Động vật của Thảo Cầm Viên Sài Gòn hiện được phân loại theo hệ thống phân loại khoa học (Linnaeus), đây là hệ thống được dùng phổ biến:
- Giới (Kingdom) 
- Ngành (Phylum) 
- Lớp (Class) 
- Bộ (Order) 
- Họ (Family) 
- Chi (Genus) 
- Loài (Species).

Tên khoa học: Hippopotamus amphibius Linnaeus, 1758

Tên tiếng Anh: Hippopotamus
Tên tiếng Việt: Hà mã, Hà mã lớn

Tên khoa học: Pygathrix nigripes
Tên tiếng Anh: Black shanked Douc Langur

Tên tiếng Việt: Chà vá chân đen, voọc vá chân đen

Tên khoa học: Ceratotherium simum Burchell, 1817

Tên tiếng Anh: White Rhinoceros
Tên tiếng Việt: Tê giác trắng

Tên khoa học: Nomascus gabriellae

Tên tiếng Anh: Yellow-cheeked gibbon

Tên tiếng Việt: vượn má vàng, vượn đen má vàng, vượn đen má hung...

Tên khoa học: Elephas maximus Linnaeus, 1758
Tên tiếng Anh: Asian Elephant

Tên tiếng Việt: Voi châu Á, Bồ tượng....

Tên khoa học: Rheinardia ocellata ocellata

Tên tiếng Anh: Annamite Crested Argus

Tên tiếng Việt: Trĩ sao Việt Nam

Tên khoa học: Axis porcinus Zimmermann, 1777
Tên tiếng Anh: Hog Deer
Tên tiếng Việt: Hươu vàng, hươu lợn

Tên khoa học: Catopuma temminckii

Tên tiếng Anh: Asian Golden Cat

Tên tiếng Việt: Báo lửa, beo lửa, beo vàng châu Á...

Tên khoa học: Cacatua alba

Tên tiếng Anh: White cockatoo

Tên tiếng Việt: Vẹt trắng mào trắng, Vẹt mào trắng, Vẹt dù

Tên khoa học: Ophiophagus hannah
Tên tiếng Anh: King cobra

Tên tiếng Việt: Rắn hổ chúa, hổ mang chúa, rắn hổ mây

Tên khoa học: Giraffa camelopardalis
Tên tiếng Anh: Giraffe

Tên tiếng Việt: Hươu cao cổ

Tên khoa học: Buceros bicornis
Tên tiếng Anh: Great hornbill

Tên tiếng Việt: Hồng hoàng, phượng hoàng đất

Tên khoa học: Equus burchellii
Tên tiếng Anh: Zebra

Tên tiếng Việt: Ngựa vằn, Ngựa vằn đồng cỏ

Tên khoa học: Pygathrix cinerea
Tên tiếng Anh: Grey shanked Douc Langur

Tên tiếng Việt: Chà vá chân xám, voọc vá chân xám